防止泛濫的水壩及濾沙措施,使河流下游得不到沖積土中的天然養分,泛濫平原的肥沃程度將會降低。
阻隔在水壩後面的泥沙,則會使水庫儲水的能力逐步下降,也增加了對水壩的壓力(如三門峽水庫),有違防止災害的原意。
水壩亦阻礙水產動物的移動,干擾了生態平衡,令一些水產大為減少。
水壩又使水位大大提升,使沿岸地區受到水淹,不但使兩岸居民搬遷,更改變了沿岸的生態系統。
若水庫位於不大穩定地帶,大量儲水所產生的壓力,會誘發大型的地震;如水壩被震塌的話,災害更是不堪設想。
一些位於流速較慢河段的水庫,水面相對地靜止,形成滋生蚊蟲的地方。
另一方面,過量地使用灌溉水,會升高地下水的水位,令到表土積水,鹽鹼度增加,使土壤不宜種植,生態環境也改變了。
農業的發展,特別是農藥的使用,會導致河流污染,野草、害蟲及植物疾病會增加。
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